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医院污水中含有一些特殊的污染物，如药物、消毒剂、诊断用剂、洗涤剂，以及大量病原性微生物、寄生虫卵及各种病毒。
目前，医疗污水处理设备医疗废水的处理工艺，主要由一级沉淀消毒处理和二级生化消毒处理工艺。医疗污水处理设备具体处理工艺可根据出水要求进行选择。当处理废水可排入城市污水管网时，采用一级处理，要求直接排放时，采用二级处理工艺。当采用一级处理流程时，医院污水应与职工生活区污水、雨水分流，仅对医院污水进行消毒处理；当采用二级或深度处理流程时，根据需要，职工生活区污水可与医院污水河流进行处理，但厨房用水必须设隔油井（池）。医疗污水处理设备根据医院污水的特点，一般采用先进成熟的“厌氧水解+生物接触氧化+消毒”的工艺。
厌氧水解和生物接触氧化工艺的结合使用能使污水中的物得到较大限度的降解，二氧化氯消毒系统则让污水的毒性大大降低至安全值以下。传染病医疗机构和结核病医疗机构污水处理宜采用二级处理+消毒工艺（或深度处理+消毒工艺）；综合医疗机构污水排放执行排标准时，医疗污水处理设备宜采用二级处理+消毒工艺（或深度处理+消毒工艺），执行预处理标准时宜采用一级处理或一级强化处理+消毒工乙。